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南京农业大学专利：一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法
南京农业大学 宏基因组 土壤生物 复合污染
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2023/11/29
本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其主要包括：(1)构建基因集与蛋白质集；(2)蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；(3)基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；(4)收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度(5)计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源，可以轻松追踪致病菌携带...
南京农业大学资源与环境科学学院沈其荣院士团队根际合生元生物靶向调控产品研发取得理论新突破（图）
沈其荣 根际合生元 生物靶向 土壤微生物
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2023/10/28
2023年9月13日，国际权威期刊《Molecular Plant》在线发表南京农业大学资源与环境科学学院沈其荣院士团队微生态与根际健康实验室（简称LorMe）的最新研究成果《RIN enhances plant disease resistance via root exudate-mediated assembly of disease-suppressive rhizosphere micr...
根际微生物被称为植物的第二基因组，能在进化过程中与植物形成功能丰富的共生体（holobiont），对宿主植物的营养和健康发挥着重要的作用，对于推动我国化肥减施、农药减量，以及促进农业绿色发展具有重要意义。植物根据自身功能需求装配根际微生物组的招募理论（Cry for help）已经广为认可，但是相比于重头招募，植物有没有更高效的利用根际微生物满足自身不同功能需求的机制？
2023年5月30日，国际权威生物信息期刊《Briefings in Bioinformatics》(IF=13.994)在线发南京农业大学资源与环境科学学院表沈其荣院士团队LorMe实验室的最新研究成果《DCiPatho: Deep cross-fusion networks for genome scale identification of pathogens》，研究针对复杂环境微生物组中无...
202年1月31日，国产高影响力期刊《iMeta》在线发表了南京农业大学资源与环境科学学院沈其荣院士团队最新研究成果《MBPD: A multiple bacterial pathogen detection pipeline for One Health practices》。该研究针对威胁全球一体化健康（One Health）的生物污染物——致病菌，建立了当前最为全面的动物、植物、人畜共患病致...
南京农业大学资源与环境科学学院赵方杰教授团队揭示土壤和水稻中新的砷形态（图）
赵方杰 土壤 水稻 砷形态
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2023/6/17
砷是土壤中广泛存在的有毒类金属元素。土壤中砷的化学形态众多，不同形态砷毒性迥异。水稻土在淹水还原条件下砷的有效性提高，微生物介导的砷甲基化增强，产生以二甲基砷（DMAs）为主的有机砷化合物。水稻过量积累DMAs会诱发“直穗病”（又称“旱青立病”），影响结实，造成水稻减产。
土壤健康是与人类健康休戚相关的土壤本质属性，而农作物长期连作往往导致土壤退化而农产品质量严重下降的问题。人参（Panax ginseng C. A. Meyer）是中国传统名贵中药材，被誉为百草之王。因森林保护的需要，大量人参是在农田上种植的。而长期连续种植人参导致土壤有机质快速消耗，土壤酸化及土壤微生物群落失衡，使土传病原菌激增，造成人参根腐病严重发生。当前，参农通过施用有机肥和杀菌剂等农药来控...
2022年4月13日，国际演化生物学顶级期刊Systematic Biology在线刊登了题为“Phylogenomics of Elongate-Bodied Springtails Reveals Independent Transitions from Aboveground to Belowground Habitats in Deep-Time”的研究论文。该研究由南京农业大学资源与环境...
2022年2月24日，南京农业大学生命科学学院生命科学学院沈振国教授团队和蒋建东教授团队合作在国际权威学术期刊《Microbiome》上在线发表了题为“Long-term effect of epigenetic modification in plant–microbe interactions: modification of DNA methylation induced by plant ...
各类植物益生芽孢杆菌是主要的微生物肥料生产菌种，其在单菌层面上的植物促生机制已有较深入的研究，主要包含活化根际养分、分泌促生活性物质和诱导植物系统抗性等。然而，植物益生芽孢杆菌对根际土著微生物的影响，以及这些改变是否对宿主植物有益，尚不清楚。
稻米是人体无机砷摄入的主要来源，而砷在水稻土中的化学形态多样，且不同形态砷的毒性及生物有效性截然不同。因此，水稻土中不同形态砷的迁移转化过程对水稻籽粒中砷的积累及其安全具有重要意义。近期的一些研究发现稻田土壤中除了存在无机砷（如无机三价砷及五价砷）与甲基砷[如一甲基砷及二甲基砷（DMA）]外，还广泛存在着巯基砷化合物，包含无机巯基砷及甲基巯基砷，其中二甲基一巯基砷（DMMTA）具有高毒性。然而目前...
植物侧根在主根上的形成是由根系生物钟（root clock）介导的，并受内源激素信号和外部环境因素的协同调控。根际微生物作为植物的“第二基因组”，能够改变植物的根系构型，增强侧根和根毛的发育，促进植物的生长和根际养分吸收，是促进化肥减施增效和农业绿色发展的重要因素。然而目前对根际微生物调控植物侧根发育的活性物质和调控机制尚不完全清楚。
根际微生物组对植物生长和健康具有重要作用，其装配同时受到土壤微生物水平传递和种栖微生物垂直传递的影响。目前根际微生物组结构和功能装配的研究主要集中在水平传递途径，然而垂直传递的种栖微生物对子代作物根际微生物组结构和功能装配的影响尚不清楚。
微生物在砷的生物地球化学循环中扮演着重要角色。由于砷的毒性，微生物进化出不同的代谢机制来应对其毒害，这些机制包括氧化、还原、甲基化、脱甲基、挥发、外排等。一些微生物能将无机三价砷[As(III)]甲基化产生毒性低的甲基五价砷。然而，砷甲基化过程的中间产物单甲基三价砷[MAs(III)]具有比As(III)更强的毒性。有意思的是，有些微生物通过产生剧毒的MAs(III)抑制其它微生物生长，将MAs(...
南京农业大学资源与环境科学学院资环学院在土壤微生物群落结构稳定性维持机制方面取得重要进展（图）
土壤微生物 群落结构
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2022/3/22
土壤微生物活动是驱动土壤生态系统物质循环和养分转化的重要因素，土壤生态系统服务功能的可持续性取决于土壤微生物组的稳定性。因此，土壤微生物群落的稳定性会影响土壤资源的可持续性利用。近年来，土壤微生物多样性损失对生态系统的威胁在国际上广受关注，微生物多样性与生态系统功能稳定性的相关研究成为热点。