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植物侧根在主根上的形成是由根系生物钟（root clock）介导的，并受内源激素信号和外部环境因素的协同调控。根际微生物作为植物的“第二基因组”，能够改变植物的根系构型，增强侧根和根毛的发育，促进植物的生长和根际养分吸收，是促进化肥减施增效和农业绿色发展的重要因素。然而目前对根际微生物调控植物侧根发育的活性物质和调控机制尚不完全清楚。

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