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Gossypol Broadly Inhibits Coronaviruses by Targeting RNA-Dependent RNA Polymerases
棉花 次生代谢物 棉酚 抑制冠状病毒
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2024/4/16
研究团队以SARS-CoV-2为实验模型，采用计算机高通量筛选、酶学验证、抗病毒实验和冷冻电镜表征等多学科交叉的方式，从棉花中筛选到一种重要的次生代谢物——棉酚，发现棉酚能够广谱抑制冠状病毒。研究结果开辟了多学科交叉和多元化利用新方向，对促进棉花天然产物的研究和利用、拓宽棉花副产品的价值链具有重要意义。
山东大学生命科学学院谭保才教授课题组揭示玉米线粒体RNA编辑的新机制（图）
山东大学生命科学学院 谭保才 玉米 线粒体 RNA编辑 玉米种子发育 分子调控 The Plant Cell
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2022/12/23
近日，The Plant Cell在线发表了山东大学生命科学学院谭保才教授课题组题为“Maize PPR-E proteins mediate RNA C-to-U editing in mitochondria by recruiting trans deaminase PCW1”的研究论文，该研究揭示了玉米线粒体PPR-E类蛋白对RNA进行C-U编辑的新机制。山东大学生命科学学院博士后王勇为该...
2022年5月，中国农业科学院植物保护研究所作物病原生物功能基因组研究创新团队首次发现植物bZIP类型转录因子APIP5具有结合DNA和RNA的双重活性，在转录和转录后水平调控水稻细胞死亡和抗病性的新机制，相关研究成果发表在《核酸研究（Nucleic Acids Research）》上。
近日，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室李兴旺和李国亮教授研究团队开发了RNA-DNA交互技术（ChRD-PET），绘制了水稻染色质结合RNA与启动子的全基因组互作图谱， 揭示了R-loop中RNA种类多元性与来源多源性，并报道了RNA在染色质环和染色质拓扑结构域等不同层级结构中的交互特征。
Comprehensive review and assessment of computational methods for predicting RNA post-transcriptional modification sites from RNA sequences
N1-甲基腺苷 N6-甲基腺苷位点 计算方法
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2024/5/17
对27种预测N1-甲基腺苷和N6-甲基腺苷位点的最先进方法的全面综述，涵盖了对开发成功预测器至关重要的各种重要方面，包括数据集质量、操作算法、序列和基因组特征、特征选择、模型性能评估和软件效用。同时提出了一种基于深度学习技术的计算方法DeepPromise，用于同时预测N1 -甲基腺苷和N6 -甲基腺苷。开发了一个web服务器，该服务器可以接受RNA序列和基因组序列，以预测两种假定的RNA修饰位点...
An integrated platform and meta-learner for feature engineering machine learning analysis and modeling of DNA, RNA and protein sequence data
python 工具包 蛋白质序列
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2024/5/17
一个全面和通用的基于python的工具包，集成了特征提取、聚类、归一化、选择、降维、预测器构建、最佳描述符/模型选择、集成学习和DNA、RNA和蛋白质序列结果可视化的功能。用户只需要上传自己的数据集，并从中计算出自己需要的功能，所有必要的程序和优化设置都由软件自动完成。iLearn包括DNA、RNA和蛋白质的各种描述符，支持四种特征输出格式，以便于直接使用输出或与其他计算工具通信。总的来说，iLe...
植物分子遗传学讲座（网络报告）：RNA表观遗传助力粮食增产（时间：2021年7月28日15:00）。
南京农业大学农学院《PNAS》发表水稻抗病遗传育种课题组“The effect of RNA polymerase V on 24-nt siRNA accumulation depends on DNA methylation contexts and histone modifications in rice”（图）
水稻抗病 遗传育种 转基因育种
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2022/3/23
2021年7月22日，“作物遗传与种质创新国家重点实验室”的水稻抗病遗传育种课题组在《PNAS》在线发表了题为“The effect of RNA polymerase V on 24-nt siRNA accumulation depends on DNA methylation contexts and histone modifications in rice”的研究论文（Article）。...
JIPB近日在线发表了贵州大学方中明课题组题为“MiR319-targetedOsTCP21andOsGAmybregulate tillering and grain yield in rice”的研究论文。该研究发现水稻miR319的前体在分蘖芽伸长的基部表达量较高，其表达量改变能够负调控水稻分蘖芽伸长、分蘖数和单株产量，并进一步通过靶基因OsTCP21和OsGAmyb实现水稻分蘖数和单株产量...
近日，我所农产品真菌毒素防控创新团队郭维课题组以大丽轮枝菌为材料解析了RNA结合蛋白VdNop12参与真菌致病和低温适应的分子机制。
Development of marker-free rice with stable and high resistance to rice black-streaked dwarf virus disease through RNA interference
marker-free rice black-streaked dwarf virus disease RNA
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2023/8/9
The rice black-streaked dwarf virus (RBSDV) disease causes severe rice yield losses in Asia. RNA interference (RNAi) has been widely applied to develop antiviral varieties in plants. So far, only a fe...
近日，由我院生物技术研究所陆瑞菊研究员、刘成洪研究员领衔的麦类作物高效育种技术创制及其应用科研创新团队在植物科学领域主流期刊BMC Plant Biology (二区，IF=3.497)刊发了题为“Novel low-nitrogen stress-responsive long non-coding RNAs (lncRNA) in barley landrace B968 (Liuzhutou...
2020年5月6日，我校张启发院士牵头承担的国家自然科学基金重大研究计划集成项目“非编码RNA基因调控水稻重要农艺性状的机理研究”召开视频启动会。项目指导专家组陈润生院士、李伯良研究员、屈良鹄教授、戚益军教授和杨运桂研究员参加会议。
水稻OsRPK1基因属于富含亮氨酸重复序列的类受体蛋白激酶, 在盐胁迫下其表达量暂时升高后出现明显下降。前期研究表明, OsRPK1基因过表达会造成拟南芥非生物胁迫耐受性明显降低。本研究对OsRPK1基因在水稻中实现过表达和RNA干涉, 进而对OsRPK1的抗逆性功能加以探究。结果表明, OsRPK1基因表达量增加时, 水稻幼苗表现为耐盐性下降; RNA干涉则使水稻幼苗表现为耐盐性增加。盐胁迫后O...
谷子种子高质量总RNA提取方法的优化
谷子种子 总RNA提取 改良RNAiso Plus法 RNAiso Plus法 CTAB法
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2020/2/27
为得到高质量的谷子种子RNA,本研究以5个不同谷子品种为材料,对RNAiso Plus法、改良RNAiso Plus法、CTAB法提取的RNA进行质量和纯度的比较。结果表明,改良RNAiso Plus法提取的总RNA完整性、纯度、浓度均优于其他2种方法提取的总RNA,5个不同谷子品种和不同萌发时期的谷子均可用改良RNAiso Plus法提取出高质量、完整性好的RNA,所得RNA产物可用于构建cDN...