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2024年2月28日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学董哲副教授团队合作，发展了一种蛋白质疏水功能热点原位三氟甲基化标记和质谱探测的新方法，为蛋白质疏水作用位点发现和功能研究提供了新手段。
本发明涉及一种结合二级质谱强度和机器学习算法的蛋白质组无标记定量方法，用于蛋白质组水平的绝对和相对定量分析。该方法首先需要在液相色谱-串级质谱系统上分析用于建立训练数据集的蛋白质组实际样品的酶解肽段混合物以及待分析的蛋白质组样品的酶解肽段混合物。样品总量可以通过细胞计数或测定蛋白浓度得知，根据上一步算得的百分比和样品总量即可以计算每一个蛋白的绝对量。将同一个蛋白在不同样品中的绝对量进行比较即可以获...
大连化学物理研究所利用自主搭建的质谱仪器研究蛋白质结构（图）
质谱仪器 蛋白质结构 氨基酸侧链
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2023/4/14
近日，大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组(1822组)王方军研究员、刘哲益副研究员团队与西南交通大学封顺教授团队合作，利用自主搭建的高能紫外激光解离—串联质谱仪器，揭示了质子化氨基酸侧链的正电荷在电喷雾离子化过程中影响蛋白质结构的分子机制，为质谱精确表征蛋白质高级结构提供了参考。
2022年7月11日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子结构表征新方法研究组（1822组）王方军研究员团队与南方科技大学田瑞军教授、李鹏飞副教授等人合作，利用193nm紫外激光解离—质谱装置，实现了免疫共受体CD28磷酸化胞质端与激酶PKCθ的C2结构域识别结合机制解析。
中科院上海分院上海有机所交叉中心科研团队建立高通量筛选方法探索不同蛋白质液-液相分离的能力（图）
上海有机所 高通量筛选 蛋白质液 液相分离
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2022/12/22
蛋白质液-液相分离（liquid-liquid phase separation, LLPS）介导细胞中多种“无膜细胞器”（membrane-less organelles）的动态组装，无膜细胞器的形成参与到广泛的生命过程中。近年来，越来越多具有不同生物学功能的蛋白质被发现在体外具有LLPS能力。不同蛋白质的LLPS对蛋白质浓度、pH、离子强度、温度、拥挤试剂等多种不同条件高度敏感。如何有效快速的...
探索并建立了一种快速、简便且高通量定量磷酸化蛋白质组的策略，即采用连续互补的磷酸化富集方法SMOAC（Sequentialenrichmentofmetaloxideaffinitychromatography）结合TMT（Tandemmasstag）标记技术定量磷酸化蛋白质组学。以3例经紫草素处理的及3例正常的人肝癌HepG2细胞为实验材料，经Trypsin酶解后的肽段用TMT10-plex试剂...
中国科学院大连化学物理研究所发展出N-磷酸化蛋白质组深度覆盖分析新方法（图）
中国科学院大连化学物理研究所 N-磷酸化 蛋白质组 自然-通讯
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2020/12/20
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子高效分离与表征研究组研究员张丽华和中科院院士张玉奎团队，发展出N-磷酸化肽段高选择性富集新方法，并结合肽段的高效分离和高灵敏度鉴定，实现了N-磷酸化蛋白质组的深度覆盖分析。
南京师范大学化学与材料科学学院生物分析化学课件第一章第一节 氨基酸、多肽与蛋白质。
蛋白质翻译后修饰(PTMs)是对基因产物蛋白质进行共价加工的过程, 它是生命体在有限基因数目的条件下进行复杂生理学过程调控的重要原因. 生物体内多达300种的翻译后修饰在细胞周期调控、信号传导及免疫应答等众多生命活动中发挥着关键作用. 由于大多数翻译后修饰的蛋白质通常具有丰度低、动态范围宽以及结构复杂等特点, 因此对蛋白质翻译后修饰进行规模化分析面临着巨大的挑战. 基于生物质谱技术的修饰蛋白质组学...
蛋白质胰蛋白酶水解过程双位点漏切肽段的质谱鉴定
胰蛋白酶 基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱 细胞色素 大豆脱落胁迫成熟蛋白
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2013/9/22
为说明胰蛋白酶漏切位点数目设置对蛋白质搜库结果的影响，采用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白。在细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白的胰酶水解液中分别发现了2个和4个双胰酶漏切位点肽段，确认了文献中报道的当赖氨酸和赖氨酸相邻或赖氨酸、精氨酸各自与天冬氨酸或者谷氨酸相邻时，会引起胰蛋白酶的漏切。此外，还发现组氨酸赖氨酸...
由于重复性好、定量精度高，基于质谱的选择反应监测（SRM）技术在蛋白质定量分析中的应用越来越广泛。智能选择反应监测（iSRM）是一种新型的SRM实验策略。针对该策略产生的质谱数据，开发了一个肽段定量信息提取工具——iSQuant。该工具使用MATLAB脚本语言编写，简便易用。利用重复实验数据和标准实验数据对iSQuant的性能评估表明，iSQuant具有优越的可重复性能，定量结果和理论丰度线性度很...
采用毛细管电泳法和蛋白质显色反应-二喹啉甲酸(BCA)法,结合微波辅助反应,在60 mmol/L硼酸盐缓冲液(pH 9.5)中,实现了对蛋白质的快速毛细管电泳分析检测。同时以β-环糊精为包合添加剂,实现了BCA-Cu+复合物和游离BCA的分离,从而在波长200 nm处以测定特征生成的BCA-Cu+复合物来间接检测蛋白质,其峰强度比直接检测蛋白质自身吸收的峰强度提高了2个数量级。对于转铁蛋白、蓖麻毒...
高效疏水相互作用色谱法复性与同时纯化重组人Flt3配体的包涵体蛋白质
高效疏水相互作用色谱法 复性 纯化 重组人Flt3配体 包涵体
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2010/12/22
Flt3配体(FL)是一类具有促进早期造血功能的细胞因子,在促进造血细胞生长发育及造血动员方面具有重要的临床应用价值。为了用基因工程方法获得大量用于临床和研究的重组人FL(rhFL)蛋白质,本文对在大肠杆菌(E. coli)中表达得到的Flt3配体的包涵体进行回收、洗涤,溶解于8 mol/L脲后在高效疏水相互作用色谱(HPHIC)柱上进行rhFL包涵体的复性与同时纯化,并对其保留特征和复性规律进行...
肽段反相色谱保留时间预测算法及其在蛋白质鉴定中的应用
反相液相色谱-质谱联用 保留系数 机器学习 保留时间 预测 蛋白质 肽 鉴定
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2010/12/22
液相色谱-质谱(LC-MS)联用是当今规模化蛋白质鉴定的主流技术。肽段在反相液相色谱(RPLC)中的保留时间主要是由肽段的理化性质和LC条件(固定相、流动相)决定的。可以通过分析肽段的理化性质,并量化它们对肽段色谱行为的影响来预测保留时间。
蛋白质高效分离两维色谱柱的选择优化
蛋白质组学 多维液相色谱 蛋白质 Top-down技术
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2010/3/30
为了构建高效的离子交换/反相二维液相色谱(IEC/RPLC)分离平台系统,提高复杂蛋白质样品的分离效率,对色谱柱进行了评价与筛选。通过对实际人肝蛋白质样品的分离效果的比较,选择确定了TSKgel DEAE-5PW弱阴离子交换色谱柱(WAX)作为第一维色谱分离柱；考察了同一规格的10支代表性反相色谱柱(250 mm×4.6 mm, 5 μm, 30 nm, C4、C8或C18),通过评价其对尿嘧啶、...