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本发明公开了一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其包括步骤为：步骤一、构建土壤非冗余致病细菌数据库；步骤二、完成对土壤/植物样品DNA的提取；步骤三、完成样品的16S rRNA基因测序，获得测序下机数据；步骤四、采用DADA2分析流程封装土壤非冗余致病细菌库，获得代表性序列；步骤五、将代表性序列与土壤非冗余致病菌数据库比对注释致病细菌，得到最终的ASV物种表，通过R语言...