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本发明公开了一种增加植物系统抗性的土壤微生物益生元组合物及其应用。所述的土壤微生物益生元组合物由癸酸、十二烷酸、十三烷酸、十五烷酸、棕榈油酸、十六烷酸、十八酸、花生酸、异亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、脯氨酸、色氨酸、鸟氨酸、丙氨酸和天冬氨酸组成。施用后可提高土壤中假单孢菌的数量两个数量级以上，显著提高植物系统抗性，降低发病率。该配方产品适合果蔬等草本作物施用。

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