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中国科学院上海有机化学研究所等解析首个Piezo复合物三维结构（图）
Piezo复合物 三维结构 有机化学
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2023/8/24
Piezo家族离子通道感知机械力环境变化，将机械力信号转化为下游电化学信号，介导多种重要的生理活动，包括触觉、痛觉的感知、淋巴管发育、血压调节、神经轴突再生等。它的功能的异常会导致触觉超敏痛、淋巴管发育不良、神经退行性疾病等。而围绕Piezo家族蛋白功能机制的研究，仍存在诸多未解之谜。例如，Piezo蛋白自身能够感知和传递机械力信号，但研究发现与异源表达的Piezo蛋白相比，在很多细胞系中内源表达...
中国科学院上海有机所等解析首个Piezo复合物三维结构（图）
复合物 三维结构 离子通道 电化学信号
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2023/9/1
Piezo家族离子通道感知机械力环境变化，将机械力信号转化为下游电化学信号，介导多种重要的生理活动，包括触觉、痛觉的感知、淋巴管发育、血压调节、神经轴突再生等。它的功能的异常会导致触觉超敏痛、淋巴管发育不良、神经退行性疾病等。而围绕Piezo家族蛋白功能机制的研究，仍存在诸多未解之谜。例如，Piezo蛋白自身能够感知和传递机械力信号，但研究发现与异源表达的Piezo蛋白相比，在很多细胞系中内源表达...
中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室的杨俊研究组，在发展蛋白质高分辨三维结构的固体核磁共振测定新技术和新方法方面取得重要进展，相关研究结果于近日在《美国化学会》（J. Am. Chem. Soc.）上在线发表。
对羟基杏仁酸合成酶三维结构模建及其与底物的分子对接研究
对羟基杏仁酸合成酶 对羟基苯丙酮酸双氧化酶 同源模建 分子对接
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2009/12/25
以对羟基苯丙酮酸双氧化酶(HPPD)的晶体结构为模板, 利用同源模建方法构建了与其高度同源、底物相同但催化功能存在明显差别的对羟基杏仁酸合成酶(HMS)的三维结构, 并对模建结构的合理性进行了分析. 在模建结果的基础上, 对HPPD和HMS分别与底物羟苯基丙酮酸(HPP)进行分子对接计算, 比较了二者结合模式的异同, 为两种同源酶在催化方面差异性的合理阐释提供了一些有益的信息.
新的α/β水解酶W14和W15的三维结构模建及分子对接研究
分子动力学 α/β水解酶 分子对接
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2009/11/25
利用同源模建和分子动力学模拟方法, 模建了两个新发现的α/β水解酶超家族成员W14和W15的三维结构, 并通过与α-醋酸萘酯的对接研究, 从理论上提出Gly82和Val13为形成“氧洞”的关键残基,有利于稳定水解过程中的带负电的过渡态, 以及其它对复合物形成起到重要作用的氨基酸残基.
结合生物信息学方法及分子模拟手段, 通过同源模建方法构建了乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)Pres12的三维空间结构, 并结合生物实验在分子水平上探讨了乙型肝炎病毒表面抗原Pres12作为抗乙型肝炎病毒重要靶标的机理. 研究结果表明, HBsAg三维空间结构是由构型性的Pres1和线性的Pres2组成, 此结构由疏水氨基酸形成3个α-螺旋结构及Loop结构域, 并且N端由Pres1中残基构成了一...
摘要 8聚核苷酸 d(GGTATACC)~2溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得。计算中以标准B型双螺旋DNA为初始结构, 加上螺旋间的20个氢键约束和由核磁共振NOESY谱获得的186个NOE约束, 另外还加入二面角约束32个。计算所得的6个低能(-302±5kJ/mol)优势构象的均方根偏差(rmsd值)均小于0.06nm, 平均均方根偏差为0.043nm, 从...
化合物色谱保留时间与其三维结构的关系研究。
以实验合成出的Schiff碱配体和Co(II)配合物为母体, 设计了Schiff碱配体和具有三维结构的Co(II)配合物. 采用密度泛函理论的 B3LYP/6-31g(d)-FF方法对具有开壳层电子组态Co(II)配合物及相应配体的二阶非线性光学(NLO)效应进行了计算. 结果表明: Schiff碱配体形成配合物后分子的二阶NLO性质没有发生大的改变, 这是由于金属Co2+离子在配合物电荷转移(C...