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南京农业大学专利：一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法
南京农业大学 宏基因组 土壤生物 复合污染
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2023/11/29
本发明公开了一种利用宏基因组分析土壤生物复合污染的方法，其主要包括：(1)构建基因集与蛋白质集；(2)蛋白质集比对SARG数据库后抽取比对上的序列构建ARGs物种溯源库用于耐药基因溯源分析；(3)基因集构建个性化物种数据库，用于宏基因组微生物丰度计算；(4)收集致病菌物种信息构建致病菌物种数据库，获取样本中致病菌丰度(5)计算生物复合污染指数。本发明本发明实现了耐药基因溯源，可以轻松追踪致病菌携带...
中国科学院PNAS|单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组（图）
单细胞拉曼结合 靶向宏基因 土壤活性
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2023/7/14
抗生素耐药性(AMR)在人类、环境和动植物间的传播大大加剧了全球“One Health”负担。土壤是“One Health”的关键环节之一，所携带的抗生素耐药性可通过食物链等方式转移至人类而带来健康威胁。土壤中栖息着地球上最为丰富多样的微生物，其中的活性耐药菌在驱动土壤耐药性传播中起着关键作用。然而，由于高达99%的土壤微生物不可培养，针对土壤原位活性耐药菌的探索仍很少，土壤中抗生素耐药性风险的研...
中国科学院单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组（图）
单细胞 拉曼结合 靶向宏基因 土壤微生物
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2022/10/10
抗生素耐药性（AMR）在人类、环境和动植物间的传播，加剧全球“One Health”的负担。土壤是“One Health”的关键环节之一，所携带的抗生素耐药性可通过食物链等方式转移至人类而带来健康威胁。土壤中栖息着地球上最丰富多样的微生物，其中活性耐药菌在驱动土壤耐药性传播中具有关键作用。然而，由于高达99%的土壤微生物不可培养，针对土壤原位活性耐药菌的探索较少，土壤中抗生素耐药性风险的研究面临挑...
【目的】 采用宏基因组测序技术，研究施肥对细菌、真菌和古菌群落组成和结构的影响，为设施菜田可持续健康发展提供科学依据。 【方法】 设施蔬菜施肥长期定位试验始于2009年，试验地位于天津市西青区，为春季番茄和秋冬季芹菜轮作体系。在春茬番茄 (第20茬蔬菜) 盛果期，选择定位试验中的6个等氮磷钾投入处理，包括全部使用化肥氮 (4/4CN) 处理和5个有机替代处理 (3/4CN+1/4MN、2/4...
【目的】 绿肥对土壤微生物磷循环的影响受到研究者们的广泛关注，但绿肥影响土壤磷循环的微生物机理尚不明确。利用宏基因组学方法剖析长期绿肥还田对土壤磷循环功能微生物的影响，旨在阐明绿肥对土壤磷循环影响的微生物机理，为绿肥的科学利用提供依据。 【方法】 以中国湖南祁阳绿肥及稻草还田定位试验的水稻根际土为材料，利用宏基因组学方法，对土壤微生物DNA进行PE150 (双端读长150 bp) 宏基因组测...
土壤宏基因组学技术及其应用
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2007/8/7
传统的基于培养的研究方法只能反映土壤中少数(0.1%～10 %)微生物的信息，而大部分微生物目前还不能培养，因而这部分微生物资源尚难以被有效地开发利用.宏基因组学是分子生物学技术应用于环境微生物生态学研究而形成的一个新概念，主要技术包括土壤DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选.它可为揭示微生物生态功能及其分子基础提供更全面的遗传信息，并已在微生物新功能基因筛选、活性物质开发和微生物多样性研...