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近年来,空间转录组学(Spatial Transcriptomics,简称ST)的突破性进展使得研究人员在全基因组层面测量组织切片中特定空间位点的基因表达信息成为可能,这为研究人员破译组织的空间结构,理解复杂的生物学功能提供了条件。组织切片中具有相似基因表达空间模式的区域形成组织中特异的亚结构(简称为空间域)。精确破译空间域是空间转录组数据解析中最基本和关键的环节。然而,适用于单细胞异质性识别的经...
分析一对细胞或组织在不同状态下基因表达的差异,已成为分子生物学研究领域的热点之一.近年来,用于识别差异表达基因的方法已发展起来多种.DDRT-PCR是近年来较为广泛应用的一种技术.理论上,DDRT-PCR技术比较简单,但实施起来却存在着假阳性率高,凝胶中单条cDNA带成分不均一, 所获cDNA仅代表着mRNA 3′UT区(约300 bp)以及一些低拷贝数mRNA不能有效被呈现等问题.对DDRT-P...
转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容,但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上,提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法,通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描,来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器,用其计算对应位置的似然得分,再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对...
以一组随机选取的对照序列中寡核苷酸的出现频率为基础,分析转录频率较高的酵母基因内含子序列的寡核苷酸使用情况,抽提出一批过表达的寡核苷酸。然后对抽取出的寡核苷酸和它们在每个高效转录基因内含子序列中重叠、连接后形成的长寡核苷酸序列片段进行分析,并对照实验结果和用比较分析方法获得的结果,推测这些寡核苷酸可能是高效转录基因内含子序列中潜在的转录因子结合位点。STATISTICAL ANALYSIS O...
根据实验观察到的DNA成环和弯折机制,以140 bp为分界点,探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用(synergy)。用与随机序列做对比的方法,抽提出最近距离在140 bp以下的寡核苷酸对,以及最近距离在140 bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分,发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110 bp以下,位...
2006年的诺贝尔化学奖授予了美国斯坦福大学的科恩伯格(Roger D. Kornberg)教授,以表彰他在真核基因转录的分子机制研究方面做出的卓越贡献。
真核细胞内转录的调节     细胞学  遗传学  组织学  胚胎学       < 2008/2/7
摘要长期以来,在细胞学、遗传学、组织学和胚胎学上经常有这样一个问题:就是双亲的遗传物质经受精作用集合于受精卵,除个别例外,受精卵经卵裂又将全部遗传物质传递给子细胞,每个子细胞都含有双亲的遗传物质,即使在已分化的细胞中也不例外,但为什么在细胞分化的过程中,遗传物质所携带的基因并不全部表现出来,而是有选择地表现或不表现这些或那些基因。这就说明基因的表现与否,必然受生物体的内环境与外环境对它的影响,一定...
摘要KAP-1(又称TIF1b, TRIM28等)是一种转录中介因子, 在诸多转录调控复合体中起桥梁作用。它通过其N端RBCC结构域与含KRAB结构域的锌指蛋白、MDM2、MM1、C/EBPb等相互作用; 通过C端的PHD及BrD结构域与SETDB1、Mi-2a等分子相互作用, 参与形成具有组蛋白甲基化酶或组蛋白去乙酰化酶活性的复合体; 通过中间的HP1BD区域与HP1蛋白相互作用, 进而与组蛋白...
本文用改进的CM-5cphadcx C-25柱层析的方法,纯化了HMG各组份及HP,。在北京 鸭嗜多染红细胞核体外转录体系中测定了HP, b HMG,及HP:十HMGs对转录活性的影响.实验结果表明,单独的HMG,和单独的HP:对转录活性均无显著性的影响,而HP:十HMGs对转录活性有明显的抑制作用。
摘要对烟草(Nicotiana tobacum)rbcL 转录单位3′端前后相连的2个逆向重复序列作系统删 减并单独将此2个序列分开。在原核体系中考察这些缺失予的转录物,结果表明,成熟rbcL mRNA的积累依赖于3′端的大逆向重复序列及未翻译区的一段序列。 将带有逆向重复序列的片段插入菠菜rbcL启动子及苏氨酸终止子之间,大肠杆菌的RNA 多聚酶读过rbcL3′端的逆向重复序列而全部...
摘要过氧化物酶增殖物激活受体γ2(PPARγ2)是一个转录因子,属于核受体超家族的成员之一。其主要在脂肪组织表达,对脂肪细胞分化进行调控。其常见多态性Pro12Ala已发现与肥胖及2型糖尿病关系密切。它也是治疗糖尿病药物噻唑烷二酮类药物(TZDs)作用的靶分子。因此,对其进行代谢调控分子机制的研究,可能有助于对2型糖尿病预防或治疗中起作用的新药物靶位点的发现。 Abstract:Peroxiso...
通过培养血管平滑肌细胞(VSMC)的直接细胞计数显示自发性高血压大鼠S HR的细胞增殖快于正常血压大鼠WKY;应用DNA-蛋白质凝胶漂移泳动技术比较SHR和WKY的VSMC核转录因子Ap1、Ap2、GRE、CREB、Sp1、CTF/NF1、NF-κB结合活性,发现SHR的CTF/NF1和NF-κB结合活性高于WKY,用P65和P 50抗体证明了NF-κB结合的特异性;同时,LPS诱导VSMC和PD...

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