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In this paper we introduce a combinatorial framework which provides an interpretation of RNA pseudoknot structures as sampling paths of a Markov process. Our results give insight into the cross-serial...
一种从苏铁叶片中有效提取RNA 的方法
苏铁 硼砂 RNA 提取
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2009/5/22
由于苏铁( Cycas revoluta) 叶片中含有大量的多糖多酚等次生代谢物, 常规RNA 提取方法很难获得优质的RNA。在常规的CTAB 法中加入了硼砂和β- 巯基乙醇来消除多酚和多糖的干扰, 得到了一个从苏铁叶片中有效提取RNA 的方法, 每克鲜叶片可获得约930μg RNA。A260 280 和A260 230 的纳米波长的吸收比值都约为2 , 表明RNA 的质量较好。获得的RNA 可用...
采用密度函数理论的B3LYP交换关联能泛函在6-311+G(2df, 2p)基组水平上，优化计算了Ca+,Mg+与RNA碱基嘧啶各同分异构体形成稳定复合物的结构，发现其中C1M，T1M和U1M(M=Ca+和Mg+)为最稳定复合物，并对这些复合物红外振动进行了计算。计算结果显示碱基嘧啶单体主要存在的两个红外特征振动，是由环振动和环外氧原子及与其成键的环上碳原子之间产生伸缩振动引起的。当形成复合物时，...
葡萄愈伤组织RNA提取方法比较及部分基因的表达差异初步分析
Vitis vinifera L 愈伤组织 总RNA提取 RT-PCR
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2012/11/9
以欧亚种酿酒葡萄品种赤霞珠(Vitis viniferaL.cv.Cabernet Sauvignon)的胚性愈伤组织(EC)和非胚性愈伤组织(NEC)为材料,进行了总RNA不同提取方法的比较.结果表明葡萄EC和NEC的总RNA的最佳提取方法是RNAplant试剂法.通过此方法提取的总RNA完整性好,28S和18S条带清晰,且OD260/280nm值都在1.8～2.0之间.以此RNA为模板,对ac...
莲藕组织富含多糖、脂质、酚类等物质,用一般的方法较难提取高质量的RNA.在改进前人方法的基础上,建立了一种高效、简单的CTAB-LiCl提取法,能快速提取高质量的莲藕组织总RNA,并且产率高、完整性好、纯度高,能进一步满足RT-PCR等分子生物学实验的需要.此外,该方法也适用于其它富含多糖、脂质、酚类等物质的植物组织总RNA的提取.
DNA和RNA双链稳定性差异的理论研究
半经验计算 RM1BH方法 SimuCal_SE方法 DNA 和RNA稳定性差异 氢键结合能
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2010/3/12
利用适用于分子间弱相互作用, 尤其是生物分子间的氢键相互作用的改进的半经验方法RM1BH和达到线性标度的新的半经验算法以及SimuCal_SE方法, 与自主开发的量子化学程序包SimuPac 1.0, 对4组一系列DNA和RNA碱基的氢键结合能进行了计算. 这些计算包括单一碱基类型和混合碱基类型两大类情形, 最大的原子数达到1064个. 计算结果表明, 在碱基层数较少时, DNA和RNA氢键结合能...
NS5B与HCV负链RNA 3′末端特异性结合的分析
丙型肝炎病毒(HCV) NS5B 复制体
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2008/10/24
NS5B是RNA依赖性RNA聚合酶，在病毒RNA合成过程中起到中心催化酶的作用.在大肠杆菌中表达和提纯了GST-NS5B融合蛋白，应用紫外交联试验（UV cross-linking）检测NS5B与丙型肝炎病毒(HCV)负链RNA 3′末端的结合，确定NS5B是否参与HCV负链RNA 3′末端复制体的形成.NS5B可与HCV负链RNA 3′末端发生结合，这种结合存在量效关系，比与正链RNA 3′UT...
RNA结合蛋白是基因表达的重要调节因子.RNA-蛋白质印迹（Northwestern blot）是近年来国外建立的筛选这类因子的重要方法之一.应用这一方法从肝细胞株HepG2 cDNA文库中成功筛选到乙型肝炎病毒表面抗原转录后调节片段互相作用蛋白表达克隆.结果显示：该蛋白与探针结合特异性强，经三轮筛选后，100%克隆为阳性克隆；PCR和EcoRⅠ酶切初步鉴定, 编码该蛋白的cDNA长约1 kb. ...
丙型肝炎病毒依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)研究进展
丙型肝炎病毒 非结构蛋白NS5B 依赖于RNA的RNA聚合酶 RNA复制
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2008/10/6
由于缺乏合适的HCV感染细胞模型，严重制约了HCV复制，特别是HCV复制的关键因子依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)的研究.对HCV序列比较分析并通过异源表达证明NS5B是HCV复制的RdRp.NS5B C端疏水性氨基酸区域以及NS5B与细胞膜形成复合体等影响NS5B溶解性.在合适的反应条件下NS5B可以多种RNA分子为模板催化RNA复制，特别是能有效复制HCV全长(+)RNA.高浓度GTP激...
从矿化的骨组织中提取骨细胞的总RNA
总RNA 骨组织 RT-PCR 基因表达
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2008/9/26
描述了两个从以含大量羟基磷灰石（钙）和细胞密度、数量甚低为特点的矿化的成年骨组织（成年大鼠颅骨）提取总RNA的改进方法.紫外分光光度法（A260、A280和A230）和1%甲醛变性琼脂糖凝胶电泳予以鉴定.进而以其逆转录的cDNA为模板扩增出β-actin和BMP-2基因，均表明所得总RNA完整和模板活性俱佳.每克骨组织中总RNA产量为560 μg.
定量RT-PCR中人干细胞因子的RNA-CRS的构建
基因表达定量 定量RT-PCR 人干细胞因子基因
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2008/9/3
一种适用于定量RT-PCR、用ExonucleaseⅢ部分酶切剔除技术，构建人干细胞因子(hSCF)基因的RNA竞争性参考标准(RNA-CRS)的新方法：用RT-PCR技术，从HepG2细胞中扩增出全长人hSCF cDNA，并克隆入质粒pGEM-T获重组的pGEMSCF载体，经ExonucleaseⅢ和S1核酸酶适当处理，以导致hSCF cDNA中一小片段缺失，由此获得重组pGEMSCF...
快速制备RNA小分子质量标记的新方法
锤头型核酶 自切割 体外转录 RNA分子质量标记
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2008/7/10
在锤头型核酶下游增加一段核酶作用的靶序列，使之成为自切割的核酶.将自切割核酶基因合成，扩增并克隆在质粒pBluescript SK上, 经连续4次克隆获得含10个拷贝的自切割核酶基因的载体. 5%聚丙烯酰胺变性凝胶电泳结果显示:体外转录过程中多体酶发生了自切割，核酶转录物切割成从70 nt到706 nt的RNA等梯度带，因此，可以作为RNA分子质量标记之用.
基于RNA杂交的马铃薯纺锤块茎类病毒检测芯片
RNA芯片杂交斑点杂交 cDNA芯片 马铃薯纺锤块基类病毒(PSTVd)
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2008/7/1
报道了一种检测植物类病毒RNA的新方法——RNA杂交芯片技术, 即将cDNA芯片技术与RNA斑点杂交技术相结合, 将马铃薯样品的总RNA直接固定在玻片上, 用荧光标记制备检测马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)的特异探针, 探针与芯片杂交后分析杂交信号以确定相应的样品有无PSTVd侵染. 参照膜杂交的方法, 确定了RNA芯片的制备条件, 并用以检测了马铃薯样品的PSTVd侵染情况, 检测结果与RT-...