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微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟
ABEEM/MM浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟
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2009/12/28
应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM), 对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟. 研究了水溶液对微过氧化物酶的结构, 血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响. 结果表明, 在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的, 而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面. 与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向, 而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅...
用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质, 包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等, 并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构. 同时, 也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/molecular mechanics) 模型研究了这些性质, 与从头算的结果进行了比较, 得到了相符合...
ABEEM/MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究
ABEEM/MM力场 血红素 几何结构 构象能 电荷分布
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2009/11/13
运用拟合的参数, 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟. 结果表明, 该力场与CHARMM力场相比, 能更好地模拟晶体结构. 计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上, 同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响. ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定...
摘要 应用原子－键电负性均衡方法融合进分子力场（ABEEM/MM）对Co3+水溶液在室温（298.15K）时进行了细致的分子动力学模拟研究。通过模拟获得了Co3+水溶液的各种性质，例如：静态性质，包括径向分布函数，角度分布函数，ABEEM电荷分布，水分子的结构和平均氢键个数等；动力学性质，包括扩散系数和振动光谱；和溶剂化能等热力学性质。结果表明，ABEEM/MM模型能够较准确地描述Co3+水溶液的...
血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟
ABEEM/MM力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键
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2010/1/22
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟. 结果表明, 血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键, 该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用, 而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系. 同时表明, 血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.
应用ABEEM/MM 模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n (n=11~16)的各种性质,如：优化的几何构型, 氢键个数, 结合能, 稳定性, ABEEM 电荷分布, 偶极矩, 以及结构参数、平均氢键个数和强度, 增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.